Réponse acceptée !
en ce qui concerne le MGAC, il me semble que tu dois faire un click droit + propriétés sur ton projet msi, puis tu as un bouton du style "choisir les composants" (ou un truc comme ca), et il faut que tu mettes le MGAC. ainsi, le poste contenant l'appli aura les API MS d'accès a la BDD (ca marche comme pour la vérification de présence du framework).
Ensuite pour le fihcier base de données, tu vas devoir mettre une condition personnalisée pour déployer la base uniquement si elle est absente (a priori tu vas devoir faire un projet de setup perso ou tu devras surcharger la méthode install et utiliser ton setup perso).