Salut, je ne suis pas sûr de bien visualiser ce que tu veux..  Plutôt que d'utiliser plusieurs PictureBox créer une classe "Sprite" par exemple, qui contient l'image et sa position et dessine directement sur la forme ou le contrôle.


public struct Sprite
{
    private Bitmap bmp;
    private Color mask;
    private Rectangle bounds;

    public Rectangle Bounds { get { return bounds; } }

    public Sprite( Bitmap bmp, Rectangle bounds )
    {
        this.bmp = bmp;
        this.bounds = bounds;
        this.mask = bmp.GetPixel( 0, 0 );
    }

    public void Draw( Graphics g )
    {
        if ( bmp != null )
            g.DrawImage( bmp, bounds );
    }

    public bool Hit( int x, int y )
    {
        if ( bounds.Contains( x, y ) )
        {
            x = x - bounds.X;
            y = y - bounds.Y;
           
            if ( bmp.GetPixel( x, y ) != mask )
                return true;
        }
       
        return false;
    }
}

Bounds contient la position du sprite en coordonnées client de la forme ainsi que ça taille, ça permet de dessiner le sprite et aussi de passer la position de la souris à la methode Hit pour savoir si la souris se trouve sur le sprite tout en tenant compte d'une couleur invisible via la variable mask ( un fond vert par exemple ).

Un exemple pour utiliser cette structure :

public sealed class MainForm : Form
{
    private List< Sprite > sprites = new List< Sprite >( );

    public MainForm( ) : base( )
    {
        this.SetStyle
        (
            ControlStyles.UserPaint |
            ControlStyles.DoubleBuffer |
            ControlStyles.AllPaintingInWmPaint,
            true
        );
       
        sprites.Add( new Sprite( new Bitmap( "image1.bmp" ), new Rectangle( 0, 0, 64, 64 ) ) );
        sprites.Add( new Sprite( new Bitmap( "image2.bmp" ), new Rectangle( 100, 100, 64, 64 ) ) );
    }

    protected override void OnMouseDown( MouseEventArgs e )
    {
        //base.OnMouseDown( e );

        if ( e.Button == MouseButtons.Left )
        {
            foreach( Sprite s in sprites )
            {
                if ( s.Hit( e.X, e.Y ) )
                    MessageBox.Show( "Hit !" );
            }
        }
    }

    protected override void OnPaint( PaintEventArgs e )
    {
        //base.OnPaint( e );

        Graphics g = e.Graphics;

        foreach( Sprite s in sprites )
            s.Draw( g );
    }

    [ STAThread ]
    private static void Main( )
    {
        Application.EnableVisualStyles( );
        Application.Run( new MainForm( ) );
    }
}